• Melakukan penelitian dan mengaplikasikan hasil penelitian dalam bentuk pengabdian masyarakat di berbagai aspek bidang kehidupan masyarakat perbatasan dan pesisir.

• Mendorong eksplorasi kreatif ilmu pengetahuan Islam dan Kemuhammadiyahan dalam kategori ilmu-ilmu alam, ilmu sosial dan ilmu tentang manusia.

• Melakukan integrasi kritis disiplin ilmu kontemporer ke dalam kerangka ilmu pengetahuan Islam dan tradisi intelektual Islam dan Kemuhammadiyahan.

• Menerbitkan buku-buku seri Perbatasan dan Pesisir serta jurnal ilmiah, antara lain OJS  “International Journal of Borderland and Coastal Studies”.