Sesuai dengan Keputusan Rektor Universitas Muhammadiyah Jakarta Nomor 315 tahun 2022, Pusat Studi Perbatasan dan Pesisir berkoordinasi langsung dengan Wakil Rektor I untuk seluruh proses dan pertanggungjawaban. Dalam pelaksanaan lapangan, Pusat Studi Perbatasan dan Pesisir memiliki kewenangan untuk mengangkat dan/atau memberhentikan konsultan dan pembantu lapangan yang bekerja untuk dan atas nama Pusat Studi Perbatasan dan Pesisir.